Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Mohammad Ali dahulunya dikenali sebagai Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Ranau (SEMEKAR). Sekolah ini adalah satu projek kerajaan persekutuan. Ia dibina hasil permintaan orang awam, Resolusi Forum Peringkat Daerah yang dipengerusikan Tuan Hj. Jirin Saluin, ADUN Ranau merangkap Pengerusi Badan Dakwah Ranau ketika itu (1982) yang merasakan perlunya satu institusi pengajian agama di Daerah Ranau bagi masyarakat setempat menganut agama Islam ketika itu berikutan pengislaman beramai-ramai dan khemah Ibadah di Kem Muis Nunuk Ragang pada akhir tahun 1982 dan 1983.Mereka yang terlibat dalam memikirkan penubuhan dan pembinaan sekolah adalah:-

• Pengerusi:  Tuan Hj. Jirin Saliun (YB Ranau ketika itu)

• Timbalan:   En. Sari Suhut – DO Ranau ketika itu

• Setiausaha: En. Aziz Muji

• Timbalan Setiausaha: HJ. Junaidi Sahat

• Bendahari: MUIS Ranau

AJK Promoter

• En. Rusining Rusidi.Resolusi: Datu Masidi Manjun (Wakil Belia Ranau)

• En. Mahanin Othman.

• En. Azman Manaf

• En.  Mazlan Daiman.   

Ahli Forum

Pengawai Daerah Ranau

En. Masidi Manjun ( wakil belia)

En. Sari Suhut (Pegawai Daerah)

Tuan Hj. Jirin Saliun (ADUN Ranau ketika itu)
 

 Ahli Forum yang tidak hadir.

Tan Sri Abdul Ghani Gilong (Mantan Menteri Kerja Raya Persekutuan)

Datuk Mynoor Ginggor (ADUN Kundasang) ketika itu.

 

Kehadiran Forum: 1003 orang.

Pengerusi Forum : Tuan Hj. Madi Yakob (Pegawai Pelajaran Daerah)

Rumusan Forum: En. Aziz Muji:
Ranau memerlukan sebuah sekolah agama bagi memberi pendidikan kepada anak-anak mereka yang baru memeluk Islam yang sangat ramai ketika itu. Ketika Tan Sri Kasitah menjawat sebagai Menteri di Jabatan Perdana Menteri telah memberi sokongan yang kuat atas pembinaan sekolah ini.

 

Pada masa itu. Pembinaan dimulakan pada tahun 1984 dan pada awalnya dijangka siap untuk digunakan pada 1986 dengan perbelanjaan sebanyak RM9.7 juta. Walaubagaimanapun, sekolah hanya dapat dimulakan pada tahun 1989.

SEMEKAR pada asalnya terletak di kilometer 1, lebuh raya Ranau –Kota Kinabalu. Keluasan sekolah meliputi 45 ekar dengan tanah yang ditereskan secara bertingkat untuk menempatkan 20 blok bangunan. Semenjak dibuka pada sesi 1989 SEMEKAR telah dipimpin oleh empat Pengetua. Ustaz Abi Rerah Awang Chik memulakan tugas sebagai pengetua pertama pada tahun 1989.

 

SEMEKAR hanya mempunyai seramai 6 orang tenaga pengajar. Jumlah kelas pula untuk tingkatan 3 sebanyak 3 kelas,  tingkatan 1 dan sebanyak 2 kelas tingkatan 4. Mereka dibantu oleh dua orang kakitangan bukan mengajar ( KTBM ). Ketika itu aliran yang ditawarkan ialah aliran agama dan sastera.

Pada tahun 1992 beliau diganti oleh Ustaz Mohd Ghazali Abu Bakar

Pengetua Ustaz Haji Sarnon Jumiran

Pada November 1997, pentadbiran SEMEKAR diterajui pula oleh pengetua keempatnya Ustaz Haji Rakhibi Othman

Pada Disember 1998 telah mencatat sejarah yang penuh gemilang tatkala yang berbahagia Dato’ Sri Najib Tun Razak, Menteri Pendidikan Malaysia, diringi oleh Tan Sri Kasitah Gadam, Menteri Tanah dan Koperasi ketika itu telah meletakkan batu asas sebagai titik permulaan pembinaan tapak sekolah baru untuk SEMEKAR. Keputusan dibuat apabila didapati bangunan SEMEKAR yang telah dibina tidak selamat untuk digunakan akibat pergerakan tanah tapak binaan yang tidak stabil. Ini menyebabkan beberapa bangunan kelas retak dan berbahaya untuk digunakan. Bangunan baru SEMEKAR siap dibina selama 22 bulan (November 2001 hingga Januari 2003) yang menelan perbelanjaan sebanyak RM34 juta.

 

Tapak baru SEMEKAR terletak di kilometer 2, Kampung Lohan Ulu, Lebuh raya Taman Negara PORING (Poring Hot Spring) – Lohan , Ranau. Dengan keluasan 20.235 hektar bersamaan 50 ekar, ia menempatkan 19 bangunan yang direka dengan begitu unik dan menarik setanding dengan kepesatan teknologi pembangunan pada masa kini. Ia merupakan di antara sekolah tercantik di Malaysia.

Seiring dengan arus kemodenan, SEMEKAR sekali lagi mencatat sejarah apabila nama SMK Agama Ranau, bertukar nama kepada SMK Agama Mohammad Ali Ranau pada tahun 2004 setelah enam belas tahun berlalu. Menurut fakta penduduk setempat, Mohammad Ali adalah antara individu awal dari suku kaum Dusun yang memeluk Agama Islam di Ranau. Atas  usaha beliau, akhirnya ramai penduduk setempat dari suku kaum Dusun Ranau yang memeluk Islam.